Méthodes et sources de données utilisées
Les estimations présentées sont issues de données scientifiques publiées et reflètent la situation COVID à un moment donné, mais peuvent ne pas refléter la situation actuelle de l'épidémie (e.g., amélioration de la prise en charge, modification de la contagiosité de la maladie, efficacité du vaccin en vie réelle pouvant différer des chiffres présentés dans les essais, etc.).
Par ailleurs, seules les estimations ponctuelles sont présentées. Ces estimations peuvent avoir une précision variable (par exemple dépendant de la taille de ces études), non représentée sur les figures.
Risques liés à la COVID-19
Les estimations des risques de la COVID-19 sont tirées de la publication de Salje et al., Science, 2020 (doi : 10.1126/science.abc3517).
Les données utilisées dans cet article étaient celles de la base de données SI-VIC, gérée par l'ANS (Agence du Numérique en Santé) et envoyée quotidiennement à Santé Publique France. Ces données couvrent la période du 13 Mars au 7 Mai 2020.
Nous faisons l'hypothèse que tous les patients testés à cette période étaient symptômatiques et donc, que les proportions étaient rapportées dans la population des patients symptomatiques.
Nous avons utilisé les données présentées dans les tables supplémentaires S1 et S2, disponibles ici : https://science.sciencemag.org/content/suppl/2020/05/12/science.abc3517.DC1
Symptômes persistants
Les estimations des risques de symptômes persistants de la COVID-19 sont tirées de la publication de Sudre et al. accessible sur medRxiv (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.19.20214494v2)
Ces données proviennent d'un suivi des patients via l'application COVID 19 Symptom Study. Cette application a permis l'enregistrement prospectif des symptômes au Royaume-Uni, aux Etats-Unis et en Suède. Les données ont été collectées depuis le 24 mars 2020. L'étude se concentre sur 4182 utilisateurs qui ont déclaré avoir été testés positifs au CoV2-SARS par un test PCR par écouvillonnage avec apparition de symptômes entre le 25 mars 2020 et le 30 juin 2020.
Nous avons utilisé le risque de symptômes persistants à 56 jours en fonction de l'âge et du sexe présenté dans la Supplementary table 2 disponible ici : https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.19.20214494v1.full-text
Etant donné que la proportion de patients âgés de 18-30 ans ayant des symptômes persistants à 56 jours n'était pas rapportée dans l'article, nous avons contacté les auteurs et utilisé des valeurs non publiées qu'ils nous ont fourni. Ces valeurs étaient: une proportion de patients âgés de 18-30 ans ayant encore des symptômes persistants à 56 jours de 1.5% pour les femmes et 0.9% pour les hommes.
Pour rapporter la proportion de patients avec des symptômes persistants à une population de patients symptomatiques, nous avons fait l'hypothèse que les patients exclus car n'ayant pas renseigné leurs caractéristiques, leur date de début de symptômes, leur date de fin de symptômes, n'ayant pas eu un suivi suffisant ou ne s'étant pas connecté à l'application régulièrement avaient les mêmes caractéristiques que les patients inclus (Supplementary figure 1).
Données sur les vaccins
Concernant le vaccin ChAdOx1 nCoV-19 (Astra Zeneca)
Les données proviennent de la publication du Lancet (https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)32661-1)
Concernant l'efficacité, nous avons considéré que l'efficacité du vaccin était de 70.4% (30/5807 vs. 101/5829 patients ont déclaré un COVID-19 après >14 jours après la seconde dose du vaccin). Ce chiffre correspond à l'efficacité globale sans tenir compte des doses reçues. Certains schémas vaccinaux testés avaient une meilleure efficacité.
Concernant les effets secondaires graves, nous rapportons les effets secondaires graves dans le bras intervention et considérés comme les auteurs comme considérés comme éventuellement liés au vaccin expérimental (n=2). Ces trois cas étaient un cas de myélite transverse et une fièvre supérieure à 40°C. A noter qu'un patient receveur du ChAdOx1 nCoV-19 est mort (vs. 3 dans le groupe contrôle). Ces décès n'ont pas été considérés par les auteurs comme liés au vaccin ou au placebo.
Concernant le vaccin BNT162b2 mRNA (Pfizer BioNTech)
Les données proviennent de la publication du New England Journal of Medicine (https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2034577)
Nous avons fait l'hypothèse d'une efficacité équivalente du vaccin quel que soit l'âge, le sexe et les caractéristiques des patients.
Concernant l'efficacité, nous avons considéré que l'efficacité du vaccin était de 95.027% (8/18198 vs. 162/18325 patients ont déclaré un COVID-19 après >7 jours après la seconde dose du vaccin.
Concernant les effets secondaires graves, nous rapportons les effets secondaires graves dans le bras intervention et considérés comme les auteurs comme considérés comme éventuellement liés au vaccin expérimental (n=4) : blessure à l'épaule liée à l'administration du vaccin, lymphadénopathie axillaire droite, arythmie ventriculaire paroxystique et paresthésie de la jambe droite. A noter que 2 patients receveurs de BNT162b2 sont morts (vs. 4 dans le groupe contrôle). Ces décès n'ont pas été considérés par les auteurs comme liés au vaccin ou au placebo.
Concernant le vaccin mRNA-1273 SARS-CoV-2 (Moderna)
Les données proviennent de la publication du New England Journal of Medicine (https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2035389)
Nous avons fait l'hypothèse d'une efficacité équivalente du vaccin quel que soit l'âge, le sexe et les caractéristiques des patients.
Concernant l'efficacité, nous avons considéré que l'efficacité du vaccin était de 94.1% (11 cas dans le groupe vaccin [3,3 pour 1000 personnes-années ; IC à 95%, 1,7 à 6,0] et 185 cas dans le groupe placebo [56,5 pour 1000 personnes-années ; IC à 95%, 48,7 à 65,3] après >14 jours après la seconde dose du vaccin.
Concernant les effets secondaires graves, nous avons rapporté la fréquence des effets secondaires graves potentiellement liés à la vaccination dans le groupe vaccin (8 participants [0.05%]). A noter que deux patients receveurs du mRNA-1273 SARS-CoV-2 sont morts (vs. 3 dans le groupe contrôle).
Autres vaccins
D'autres vaccins seront ajoutés. Nous faisons le choix de ne présenter que les vaccins disponibles dès aujourd'hui et dont les données d'efficacité et de sécurité préliminaires sont robustes
Transposition dans une population de vaccinés
Pour donner un aperçu des bénéfices et risques de la vaccination dans une population ou tout le monde n'est pas infecté par la COVID-19, nous avons présenté une estimation (encadrée) ou, en l'absence de vaccination, seul 1 patient vacciné sur 5 serait effectivement infecté par le SARS-COV2. Tous les patients vaccinés peuvent avoir des effets indésirables, mais la vaccination n'est bénéfique que pour les patients qui auraient été infectés en l'absence de celle-ci (hors effet de protection des populations). Si ce ratio est plus élevé, les bénéfices attendus de la vaccination seront plus élevés. Au contraire, si ratio est plus bas, alors les bénéfices attendus seront moindres.
Aucun des auteurs n'a de conflit d'intérêt avec les laboratoires ayant développé ou commercialisant les vaccins.